養殖場廢水主要來自于動物的糞便清洗場地等，廢水指標主要含有COD、磷、BOD、氨氮，大型養殖場廢水量非常大，如果不經過處理直排到河流中會嚴重污染環境，污染水源水體，危害人體健康。
以養雞場為例：
雞場養殖廢水的主要特征是：有機物濃度高，懸浮物多，色度深，并含有大量的細菌，氨氮、有機磷含量高，COD高達3000~12000mg/L，氨氮高達800~2200mg/L，SS超標數十倍。根據水質特點，要先去除懸浮物與色度，采用混凝沉淀工藝，有機物、氨氮、有機磷采用生化處理，因污染物濃度高，從成本及處理效果考慮，采用厭氧+好氧處理工藝。鑒于雞場養殖業的薄利行業。
厭氧處理的特點是占地少、能量需求低，還可以產生沼氣，處理過程并不需要氧，具有較高的有機物負荷潛力，能降解一些好氧微生物所不能降解的部分。目前國內雞場廢水處理主要采用的是上留式厭氧污泥床及升流式固體反應器工藝。經厭氧處理后的污水，若有可供利用土地的條件下能夠作為液態有機肥還田，但是往往排放量比較大，運輸、施用都不太方便，一般情況下須經多級好氧處理后達標排放為宜。人工好氧處理的基本原理是利用微生物在好氧條件下分解有機物，同時合成自身細胞(活性污泥)，可生物降解的有機物蕞終可被完全氧化為簡單的無機物。
常采用到的處理方法有：
1.混凝沉淀
在混凝劑的作用下,畜禽養殖場廢水中的膠體和細微懸浮物凝聚成絮凝體（用絮凝劑聚丙烯酰胺）,絮凝體不斷吸附加大體積，后進入沉淀池進行分離除去畜禽養殖場廢水中的污染物。
2.活性污泥法
活性污泥法是一種好氧生物處理法。它能從畜禽養殖場廢水中去除溶解性的和膠體狀態的可生化有機物以及能被活性污泥吸附的懸浮固體和其他一些物質，同時也能去除畜禽養殖場廢水中一部分磷素和氮素。
3.生物接觸氧化法
生物接觸氧化法是主要利用附著生長于填料表面的生物膜與畜禽養殖場廢水相互接觸反應，達到去除污染物的目的的養殖廢水處理方法。
4.UASB
大部分有機污染物在此間經過厭氧發酵降解為甲烷和二氧化碳。 UASB負荷能力很大，適用于高濃度有機廢水的處理。運行良好的UASB有很高的有機污染物去除率，不需要攪拌，能適應較大幅度的負荷沖擊、溫度和pH變化。是一種被廣泛使用的畜禽養殖場廢水處理方法。